El bug ya está registrado y solucionado en Ubuntu, pero te tienes que instalar el paquete de Eclipse propio de Ubuntu en su versión eclipse 3.5.1-0ubuntu7 o posterior. Si eres de los que como yo te acabas de enterar que existe un paquete de eclipse para Ubuntu y por tanto bajaste e instalaste eclipse desde la web de eclipse, existe una "solución alternativa": debes ejecutar eclipse a través del siguiente script.
#!/bin/sh export GDK_NATIVE_WINDOWS=1 /opt/eclipse/eclipse
Esto suponiendo que tienes instalado eclipse en /opt/eclipse, claro.
Prometo probar la versión de Eclipse instalada desde el repositorio de Ubuntu. ;-)
Fuente: http://www.norio.be/blog/2009/10/problems-eclipse-buttons-ubuntu-910